Kooli loomise mõte tekkis Nõmme Ristija Johannese koguduse liikmetel ning hoogu ja julgustust andsid muuhulgas ka Maarjamaa haridusseltsi loomine ning erakoolidele soodsad seadusemuudatused 2011. aastal. 21. mail 2012 asutatigi Püha Johannese kooli sihtasutus. Seda päeva tähistatakse kooli sünnipäevana.
Sihtasutuse loomise eelõhtul Nõmme Ristija Johannese kiriku ees, vasakult: Inna Sibul, Tiina Hirvoja, ülempreester Toomas Hirvoja, Rein Rebane, Maria Joanna Madise, Kersti Nigesen, Rain Simmul väikese Sofiaga, Oleg Shvaikovsky, Irina Paert, Immanuel Pärt, Olga Novikova, Liivika Simmul
PJK SA juhatuse liikmed: Liivika Simmul (esinaine), Olga Novikova, Marrit Andrejeva, Oleg Shvaikovsky ja Anti Kodas.
PJK SA nõukogu liikmed: ülempreester Toomas Hirvoja (esimees), preester Dmitri Zhestkov, Nikita Andrejev, Immanuel Pärt ja Rain Simmul.
Lisaks juhatuse ja nõukogu liikmetele kuuluvad SA asutajate hulka MPEÕK Tallinna Nõmme Ristija Johannese Kogudus, Rocca al Mare Kooli Aktsiaselts, Mittetulundusühing Maarjamaa Haridusselts, Kersti Nigesen, Inna Sibul ja Irina Paert.